第十二季延续了朱迪·惠特克饰演的第十三任博士的冒险。她和同伴们穿越到各时空，遇到了赛博人、戴立克等老对手。但本季真正的核心是一条暗线：博士不断收到一个神秘信息——“孤人将醒”。随着调查深入，她发现了一个被时间领主刻意抹去的真相——博士不是自己以为的那个人。在“永恒之子”的揭示中，博士得知自己曾经无数次被实验、被重生、被重置记忆。她是宇宙中最孤独的存在，因为她已经活了无数个无法回忆的轮回。季终集里，博士面对创造她的“边界守卫”说：“你们偷走了我的记忆，但偷不走我会一次又一次选择善良。”
神秘博士近代史上最大胆的一次设定推翻。它告诉观众：英雄不是因为血统而伟大，而是因为选择。最后一集博士独自站在时间尽头的那场独白，是全剧情感最高点，完美诠释了“在绝望中依然选择跑向危险”的博士精神。
中国台湾
一家只接待只剩最后一次话别机会的人的旅馆，老板娘自己却从不敢跟女儿说再见。
美国
一家四口搬进长岛低价凶宅，录下了所有灵异现象，最后发现鬼是假的，但房子真的是凶宅。
中国大陆
一个小和尚奉师命将一枚舍利子送回故乡，一路上遇到的人比妖怪更可怕。
印度
一场包下整列火车的盛大婚礼，却把所有宾客送错了目的地。
英国
三个不同时空的博士被吸入了“时间裂缝”，他们必须联手阻止一个能吞噬所有“博士”的终极反派。
中国台湾
女校转学生爱上了隔壁男校的“校园诗人”，却发现他的每一首诗都是为另一个女孩写的。
中国大陆
上古凶兽穷奇重现人间，一个被遗弃的孤儿竟是唯一能重启山海封印的命定之人。
中国大陆
双胞胎姐妹中“丑”的那个意外身亡，“美”的那个被迫扮演妹妹，却发现自己正在杀死真实的自己。